Overview
Next Generation Sequencing (NGS) adalah teknologi sequencing paralel masif yang menawarkan throughput, skalabilitas, dan kecepatan ultra-tinggi. Teknologi ini digunakan untuk menentukan urutan nukleotida di seluruh genom atau daerah target DNA atau RNA. NGS telah merevolusi ilmu biologi, memungkinkan laboratorium untuk melakukan berbagai macam aplikasi dan mempelajari sistem biologi pada tingkat yang belum pernah ada sebelumnya. Pertanyaan genomik yang kompleks saat ini menuntut kedalaman informasi di luar kapasitas teknologi pengurutan DNA tradisional.
NGS telah mengisi celah itu dan menjadi alat sehari-hari untuk menjawab pertanyaan-pertanyaan ini. MiSeq salah satu instrumen laboratorium molekuler yang digunakan untuk melakukan prosedur NGS di Laboratorium Medis CITO. MiSeq ini mampu melakukan analisa dari eksom, transkriptom dan Whole Genom Sequencing dalam satu kali running dengan output 0.3 – 15 Gb. Sistem MiSeq menawarkan platform pengurutan DNA-ke-data pertama yang mengintegrasikan pembuatan klaster, amplifikasi, pengurutan, dan analisis data menjadi satu instrumen. MiSeq Sistem adalah platform ideal untuk cepat dan hemat biaya analisis genetik. Miseq menggunakan system sequencing berdasarkan sintesis.
Workflow
Library Preparation
Tujuan dari proses ini adalah untuk memotong fragment DNA dan akan dikonversi dan diberi adapter pada kedua ujungnya, dimana fungsi dari adapter tersebut sebagai pengikat pada flow cell pada saat proses clustering. Setiap fragmen akan teramplifikasi menjadi cluster klonal yang berbeda-beda dengan melalui bridge amplification dan templet siap untuk di-sequencing.
Sequencing
Pada proses sequencing ini cluster akan didenaturasi gunanya untuk melepaskan ujung 5 dan primer akan mulai untuk reaksi sequencing dimana nukleotida yang berlabel akan berikatan dengan templet. Sinyal fluorescent dari nukleotida akan ditangkap dengan laser, kemudian akan mengambil gambar dari masing-masing fluoresent dan selanjutnya DNA akan dirakit menjadi satu rangkaian utuh.
Data Analysis
Hasil DNA yang sudah jadi satu rangkaian utuh akan dilakukan proses analisis dan penyejajaran, hasil akan dibaca dengan sequencing baru akan disejajarkan dengan genom referensi. Dengan penyejajaran ini analisis variasi dapat dilakukan seperti Single Nucleotide Polymorphism (SNP) atau identifikasi inserasi-delesi, analisis filogenetik dan metagenomik.
